Анализ двусторонних связей логично начать с торговли. Динамика товарооборота между Россией и Японией с начала нынешнего столетия весьма неустойчива (см. график 1). Выделяются периоды взрывного роста в 2003—2008 годах, когда объем взаимных поставок утроился, а Япония перебралась с 15-го места на восьмое среди наших крупнейших торговых партнеров. В то время наиболее активно рос японский экспорт в нашу страну — как производственного назначения (Россия тогда демонстрировала темпы экономического роста выше сегодняшних китайских — около 7% в год), так и потребительского. Символом последнего стал наплыв японских легковушек, и новых, и подержанных.
Мировой экономический кризис обвалил товарооборот в 2009 году сразу вдвое. Особенно сильно просел импорт — помимо рухнувшего курса рубля сказалось введение заградительных пошлин на подержанные иномарки, практически обнулился вывоз леса-кругляка, также закрытого пошлинами, а нелегальный вывоз переместился на сушу, в забайкальскую тайгу с прицелом на Китай.
За следующие четыре года восстановительного роста общий объем российско-японской торговли превысил отметку 2008 года, достигнув в 2013 году абсолютного максимума — свыше 33 млрд долларов, а Япония вышла на седьмую позицию в топе наших внешнеторговых партнеров. Более того, отрицательное сальдо взаимной торговли, характерное для периода бурного роста середины 2000-х, сменилось положительным: стабильно высокие мировые цены на углеводороды оказались подкреплены новыми инфраструктурными возможностями их экспорта Россией на рынки АТР. В 2009 году начались отгрузки нефти и СПГ с терминалов в Пригородном на юге Сахалина в рамках проекта СРП «Сахалин-2» с участием японского капитала, а в 2012 году после достройки нефтепровода ВСТО-2 нефть пошла морем на Восток из порта Козьмино близ Находки.
