Президент РФ Владимир Путин указом "О структуре органов исполнительной власти" внес ряд изменений в состав правительственных органов. Резонансным решением является упразднение Федерального агентства научных организаций.
Указ подписан после встречи президента и премьера, на которой Дмитрий Медведев внес предложений по структуре нового правительства.
Функции ФАНО, включая функции по управлению имуществом, передаются Министерству науки и высшего образования РФ, которое, наряду с Министерством просвещения, образовано на базе прежнего Министерства образования и науки.
Образованное в 2013 году в процессе реформы Российской академии наук, ФАНО не пользовалось авторитетом в академическом сообществе и не смогло взять на себя функции полноценного управления хозяйственным процессом научных организаций, для чего создавалось. Упразднение этого органа прогнозировалось журналом "Эксперт".